制藥純化水設備管道使得整個系統所輸送的用水處在流動狀態下，以防微生物的滋生而污染水質。由于在整個輸水系統中，常見的管道配件技術要求不同，因此工藝管道輸送水質也既不相同。

(1)進水管

在純化水或蒸餾水入貯罐的進水管道上應安裝適當的閥門，以便必要時隔離進水管路。進水管路至罐體邊緣以方便安裝和拆卸。貯罐進水管的管徑按照輸送水泵的流量或工藝用水的較大設計秒流量計算。

(2)出水管

制藥用水系統潔凈管道工程由于水質優良，不必擔心管道堵塞。出水管的安裝應當考慮到必要時將貯罐內的水全部排空的要求，因此通常設置在貯罐的底部。

(3)溢流管

純化水貯罐上可設置溢流水管，用于控制貯罐內部的較高水位。新型的純化水系統，因設有在線滅菌系統而不設溢流管。當貯罐內水位達到高水位時，純化水停止生產，自動轉入內循環程序;一旦水位下降時，純化水系統又轉入正常運行。

(4)水位指示裝置

制藥用水貯罐目前有兩類水位指示裝置：一類為可視液位計，例如玻璃管水位計，使用這類水位計的問題是存在污染的風險，因為玻璃管水位計中的水在一定程度上說是死水，容易長菌，也不便清潔和消毒;另一類為電信號水位控制裝置，對于為避免微生物污染經常需要采用密閉貯罐的制藥用水系統來說，這類水位控制裝置的使用越來越多。

(5)排水管

為了放空貯罐和排出在線清洗(CIP)時使用的清洗液，貯罐需要設置排水管。排水管口可由貯罐底部接出，排水管道上應安裝閥門，用于隔離貯罐內外。

(6)呼吸過濾器

工藝用水過程中，為避免因貯罐內部水位變化而造成的水體污染。在貯罐的頂部需安裝孔徑為0.22цm的除菌級疏水性過濾器。